一、行政机关申请强制执行费用承担的法律规定
根据《中华人民共和国行政强制法》第六十条规定，行政机关申请人民法院强制执行，不缴纳申请费。强制执行的费用由被执行人承担。也就是说，当行政机关需要借助人民法院的力量来实现行政决定所确定的义务时，其无需为申请强制执行这一行为支付费用，而最终的执行费用将由不履行义务的被执行人来负担。
例如，在一些城市管理领域的案例中，某商户未经许可擅自搭建违章建筑，城市管理部门依法作出责令限期拆除的行政决定。但该商户在规定期限内未自行拆除，城市管理部门依法申请人民法院强制执行。在这个过程中，城市管理部门无需支付申请强制执行的费用，而相关的拆除费用、执行过程中产生的其他合理费用等，都将由该商户承担。
二、费用扣除的常见方式
当人民法院采用划拨或拍卖等方式强行执行时，可以在完成划拨或拍卖之后，从执行所得款项中将强制执行所需费用予以相应扣除。比如，在税务征收相关案例中，某企业长期拖欠税款，税务机关在多次催告无果后，依法申请人民法院强制执行。人民法院通过查封、拍卖该企业的部分资产来实现税款的征收，在拍卖所得款项中，首先会扣除强制执行过程中产生的费用，如评估费、拍卖佣金等，剩余款项再用于缴纳企业所欠税款。
三、特殊情况下费用承担的处理
在执行中当事人达成和解协议的，申请费的负担 由双方当事人协商解决；协商不成的，由人民法院决定。例如，在某环保行政处罚案件中，企业因违规排放污染物被环保部门处罚，在强制执行过程中，企业与环保部门达成和解协议，对于强制执行费用的承担，双方可以进行协商。如果协商无法达成一致，那么就由人民法院根据具体情况来决定费用的承担方式。
四、行政机关申请强制执行前的催告程序及意义
在行政机关做出强制执行决定之前，必须先行通知被告知其需履行相关义务。催告应以书面形式发出，其中要详述被告需要自行解决该问题的具体时间期限；告知被告如何去履行他所承担的义务；针对涉及到金钱债务的情况，必须提供明确的金额及付款方式，以便被告清晰掌握自己需要负担的经济责任。
例如，在土地征收补偿安置决定的执行案件中，行政机关在申请强制执行前，会向被征收人发出书面催告书，明确告知其在一定期限内领取补偿款并腾退土地，同时告知补偿款的具体金额、领取方式等。催告程序的意义在于给予被执行人自行履行义务的机会，体现了行政法中的教育与强制相结合的原则，也有助于减少不必要的强制执行成本和社会矛盾。
五、实用法律建议
对于行政机关而言，要严格按照法定程序进行催告，确保催告内容明确、具体，为后续可能的强制执行做好充分准备。同时，在申请强制执行过程中，要积极配合人民法院的工作，提供必要的证据和信息。
对于被执行人来说，应当及时履行行政决定所确定 的义务，避免因拖延履行而承担更多的强制执行费用。如果确实存在困难，应当主动与行政机关沟通，争取协商解决。
总之，明确行政机关申请强制执行的费用承担问题，对于维护行政秩序、保障行政相对人的合法权益以及提高行政执法效率都具有重要意义。