孩子三岁且与老公分居两年起诉离婚，孩子会判给谁？

在孩子三岁且夫妻分居两年起诉离婚的情况下，孩子抚养权的归属首先由父母双方自行协商决定。若协商不成，则由法院按照最有利于未成年子女的原则进行判决。

相关法律依据主要体现在《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编中关于离婚后子女抚养问题的规定。具体来说，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。这是因为两周岁以下的孩子通常更需要母亲的照料和呵护，母亲在这个阶段给予孩子的关爱和照顾对孩子的成长更为重要。

而对于两周岁以上的孩子，法院会综合多方面因素来判断。比如，双方的经济状况，经济条件较好的一方可能会为孩子提供更优质的生活、教育等资源；生活环境方面，稳定、和谐、有利于孩子身心健康发展的生活环境是重要考量因素，例如居住环境是否安全、周边是否有适合孩子成长的配套设施等；教育背景也会被考虑，受教育程度较高的一方可能在教育孩子方面有一定优势。此外，双方的抚养意愿和抚养能力、是否有不良嗜好等也会对判决产生影响。例如，如果一方有赌博、吸毒等不良嗜好，可能会对孩子的成长产生不利影响，法院在判决时会倾向于将抚养权判给另一方。

另外，如果一方能够提供证据证明自己在分居期间对孩子尽到了更多的抚养义务，比如照顾孩子的日常生活、陪伴孩子学习等，这也会对争取抚养权有一定帮助。