专利纠纷案件应由哪些法院管辖？

根据我国《民事诉讼法》和《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》，专利纠纷案件的管辖权有特殊规定。

首先，专利纠纷案件属于知识产权案件，应由知识产权法院或中级人民法院管辖。目前，我国在北京、上海、广州设有知识产权法院，其他地区则由中级人民法院的知识产权审判庭审理。

其次，关于地域管辖，专利侵权案件可以由侵权行为地或被告住所地法院管辖。侵权行为地包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。以您的情况为例，如果侵权行为发生在北京，而被告住所地在上海，您可以选择向北京知识产权法院或上海知识产权法院提起诉讼。

需要注意的是，专利案件的专业性较强，建议选择有丰富审理经验的法院。同时，根据《最高人民法院关于知识产权法庭若干问题的规定》，涉及发明专利、实用新型专利、植物新品种、集成电路布图设计等专业技术性较强的知识产权案件，还可以向最高人民法院知识产权法庭提起上诉。

在处理专利纠纷时，建议先咨询专业的知识产权律师，他们可以根据具体案情，帮助您选择最有利的管辖法院，确保案件得到公正、专业的审理。