自然人认定非法经营罪后，其民间借贷款项该如何处理？

自然人认定非法经营罪后，其民间借贷款项的处理需要根据具体情况来确定，以下为您详细介绍：

首先，需要明确非法经营罪的相关规定。非法经营罪是指违反国家规定，从事非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。在民间借贷领域，如果自然人未经金融监管部门批准，擅自从事经常性的贷款业务等行为，就可能构成非法经营罪。

根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条规定，违反国家规定，有非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。

对于民间借贷款项本身，如果是合法的借贷关系，一般会按照民事法律关系来处理，借款人仍有义务按照约定偿还借款本金和合法的利息。但如果该借贷行为是非法经营行为的一部分，例如通过非法放贷获取高额利息等，那么相关款项可能会被认定为违法所得，会被依法追缴、没收等。例如，某人未经许可长期从事放贷业务，获取了高额利息，这些利息就可能被认定为违法所得而被没收。

另外，如果非法经营行为给其他债权人造成损失的，还可能需要承担相应的民事赔偿责任。总之，具体的处理方式会综合考虑案件的具体情况、借贷行为的性质等多方面因素，由司法机关依法作出裁决。