股权转让协议与工商局备案的不一样时，究竟以哪个为准呢？

当股权转让协议与工商局备案的内容不一致时，不能简单地确定以哪个为准，需要根据具体情况进行判断：

首先，若股权转让协议是为了逃避股权转让溢价支付财产所得税等非法目的而签署的，那么该协议将被视为无效，这种情况下自然不能以该协议为准。

其次，从确定股东资格的角度来看，若是与公司外的人发生纠纷，应当以工商登记为准；而对内则应当以公司章程以及股东名册确定股东的资格，协议本身不具有确认股东资格的效力。

再者，在确定双方权利义务关系方面，一般遵循实际合同优先原则。即当实际股权转让合同与工商登记备案合同内容不一致时，应以反映当事人真实意思表示的实际合同为准。也就是说，要综合考量协议签订目的、履行情况等因素判断当事人的真实意思表示，而不是单纯以是否备案来确定效力。

例如，如果备案的协议只是为了满足工商登记的形式要求，而实际履行的是另一份协议，且能证明该协议是当事人真实意思的体现，那么在涉及双方具体权利义务时，应以实际履行的协议为准。