公司商标注册由哪个部门负责？

公司商标注册在我国主要由国家知识产权局负责。国家知识产权局是国务院直属机构，承担着商标注册与管理等重要工作。

从法律依据来看，《中华人民共和国商标法》第二条明确规定，国务院工商行政管理部门商标局主管全国商标注册和管理的工作。这里需要说明的是，随着机构改革，原来的商标局职责现已由国家知识产权局承接。

国家知识产权局对商标注册申请会进行形式审查和实质审查。形式审查主要查看申请文件是否齐全、填写是否规范等基本事项。如果申请文件存在问题，会要求申请人补正。实质审查则聚焦于商标是否符合法定的注册条件，比如是否具有显著性、是否与他人在先权利冲突等。若审查通过，商标将进入初步审定公告期，为期三个月。在此期间，任何人都可以对该商标提出异议。如果无人异议或者异议不成立，商标就会被核准注册，发给商标注册证。

对于公司而言，如果要进行商标注册，可以通过国家知识产权局商标局的官方网站提交申请，也可以到商标局设立的商标受理窗口办理，还能委托在商标局备案的商标代理机构来办理。这样的制度安排旨在保障商标注册工作的规范、有序进行，维护市场的公平竞争和商标权利人的合法权益。