我和女朋友发生了关系，后来她告我强奸，我会有案底吗？

判断是否构成强奸罪以及是否会有案底，关键在于发生关系时是否违背女方意志。

强奸罪，是指违背妇女意志，使用暴力、胁迫等手段，强行与妇女发生性关系的行为。根据《中华人民共和国刑法》第二百三十六条规定，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。如果在发生关系时，女方是自愿的，那么不构成强奸罪，也就不会有案底。但如果发生关系时违背了女方意志，即使双方是男女朋友关系，也可能构成强奸罪，一旦经司法机关认定有罪，就会留下案底。

在实际司法实践中，认定是否违背妇女意志需要综合多方面因素判断，比如双方平时的关系、发生关系时的具体情形、女方事后的态度等。如果女方事后反悔称被强奸，而男方能提供充分证据证明发生关系时女方是自愿的，比如双方的聊天记录、证人证言等，那么一般不会认定为强奸罪，也就不会有案底。反之，如果无法提供相关证据，且女方有足够证据证明男方违背其意志，那么男方就可能被认定为强奸罪并留下案底。