妹妹被强奸自杀后，将强奸犯杀了会怎么判？

这种情况需要根据具体情形来判断：

首先，如果在强奸行为正在进行时，为了保护妹妹的人身安全，采取防卫行为导致强奸犯死亡，根据《刑法》第二十条规定，对正在进行行凶、杀人、抢劫、强奸、绑架以及其他严重危及人身安全的暴力犯罪，采取防卫行为，造成不法侵害人伤亡的，不属于防卫过当，不负刑事责任。这是因为在这种紧急情况下，法律赋予了公民无限防卫权，目的是为了保护公民的人身安全，鼓励公民与严重暴力犯罪作斗争。

其次，如果强奸行为已经结束，妹妹也已经自杀，此时再去杀害强奸犯，一般情况下不构成正当防卫。这种行为可能会涉嫌故意杀人罪。根据《刑法》第二百三十二条规定，故意杀人的，处死刑、无期徒刑或者十年以上有期徒刑；情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑。不过，在量刑时，法院会综合考虑各种因素，比如犯罪动机（可能是出于为妹妹报仇的悲愤情绪）、犯罪手段、社会危害性等。如果犯罪嫌疑人有自首、立功等从轻、减轻处罚的情节，也会对最终的量刑产生影响。

最后，如果在实施杀害行为时，主观上并非故意，而是由于情绪激动等原因导致过失致人死亡，那么可能会构成过失致人死亡罪。根据《刑法》第二百三十三条规定，过失致人死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的，处三年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。