非法保养的孩子已经上户口了该怎么办？

首先，“非法保养孩子”在法律语境里，通常涉及到没有按照法定程序收养子女的情况。这种情况可能违反了《中华人民共和国民法典》中关于收养的相关规定。

《中华人民共和国民法典》对于收养有严格的规定。收养应当向县级以上人民政府民政部门登记，收养关系自登记之日起成立。如果没有进行合法登记的收养，从法律上来说，收养关系并未得到承认。非法保养孩子上了户口，并不意味着收养行为本身合法。

当出现这种情况时，首先应该去当地民政部门反映情况。民政部门会根据具体情况进行调查核实。如果发现确实存在非法收养问题，他们会按照法律规定进行处理。

可能的处理方式有几种。一种是如果符合收养条件，可以按照法定程序补办收养登记。这样能使收养关系合法化，保障孩子的合法权益。另一种情况，如果不符合收养条件，可能需要将孩子送回其生父母或者其他法定监护人处。

此外，这种非法收养行为还可能面临一些法律责任。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规，如果非法收养过程中存在欺骗、隐瞒等行为，可能会面临行政处罚。所以，及时主动地向相关部门说明情况并配合处理，是比较正确的做法，这样可以最大程度地降低可能面临的法律风险。