检察院免于起诉会有案底吗？

首先，我们来解释一下“案底”和“检察院免于起诉”这两个概念。案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，在我国法律中，通常是指有过刑事犯罪前科的档案记录，该犯罪档案一般存放在公安部门保存。而检察院免于起诉，现在规范的说法是“不起诉”，它是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人的行为不符合起诉条件或没有必要起诉的，依法作出不将犯罪嫌疑人提交人民法院进行审判、追究刑事责任的一种处理决定。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》相关规定，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。也就是说，判定一个人是否有罪的权力在人民法院，只有经过法院判决有罪才会留下刑事犯罪的案底。

对于检察院作出不起诉决定的情况，分为三种。第一种是法定不起诉，根据《刑事诉讼法》第十六条规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。这种情况下，因为本质上就不构成犯罪或者法律规定不追究刑事责任，所以不会留下案底。

第二种是酌定不起诉，即对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。虽然犯罪嫌疑人实施了一定的危害社会的行为，但由于情节轻微，检察院基于法律规定和具体情况决定不起诉。这种情况下，同样没有经过法院的有罪判决，所以也不会留下刑事犯罪的案底。

第三种是证据不足不起诉，根据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这是因为现有证据无法证明犯罪嫌疑人有罪，所以检察院作出不起诉决定，这种情况自然也不会留下案底。

综上所述，一般情况下检察院免于起诉（不起诉）是不会留下案底的，但可能会有相关的记录存在于司法机关的档案中，不过这些记录和我们通常所说的案底是有本质区别的，不会对当事人的生活和工作产生像刑事犯罪案底那样严重的影响。