工程扣款发票该怎么开？

在工程建设领域，工程扣款是较为常见的情况，涉及到发票开具问题，需要遵循相关的法律规定和财务处理原则。首先，我们要理解几个关键概念。工程扣款是指在工程项目结算时，由于各种原因，如工程质量问题、未按合同约定完成进度等，发包方从应付给承包方的工程款中扣除一定金额。而发票是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。

根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。在工程扣款的情况下，发票的开具方式需要根据具体的扣款情形来确定。

如果是由于销售折让、中止或者退回而导致的工程扣款，根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十一条规定，一般纳税人因销售货物退回或者折让而退还给购买方的增值税额，应从发生销售货物退回或者折让当期的销项税额中扣减；小规模纳税人因销售货物退回或者折让退还给购买方的销售额，应从发生销售货物退回或者折让当期的销售额中扣减。这种情况下，应当按照规定开具红字发票。具体操作是，购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》，在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在新系统中以销项负数开具。

如果工程扣款不属于上述销售折让、中止或者退回的情况，而是其他原因的扣款，比如因承包方未达到合同约定的质量标准而扣除的质量保证金等。这种情况下，一般应按照实际结算的金额开具发票。也就是说，发票开具金额为扣除扣款后的金额。例如，合同总金额为100万元，因质量问题扣款10万元，那么实际开具发票的金额应为90万元。这样处理的依据是，发票应当如实反映经济业务的实际交易金额。

此外，无论是哪种情况，企业都应当妥善保存相关的合同、扣款证明、发票等资料，以备税务机关检查。在实际操作中，如果对工程扣款发票开具问题仍有疑问，建议及时咨询当地税务机关，以确保发票开具符合法律法规的要求。