甲方对施工单位质量扣款该如何开票？

在探讨甲方对施工单位质量扣款如何开票之前，我们先明确几个重要的法律概念。这里涉及到销售折让，它指的是由于商品质量、规格等不符合要求，销售方同意在商品价格上给予的减让。当甲方因施工质量问题对施工单位进行扣款时，本质上就类似销售折让的情形。

根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。对于发生销售折让的情况，《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十一条明确规定，一般纳税人因销售货物退回或者折让而退还给购买方的增值税额，应从发生销售货物退回或者折让当期的销项税额中扣减；小规模纳税人因销售货物退回或者折让退还给购买方的销售额，应从发生销售货物退回或者折让当期的销售额中扣减。

具体到开票操作，如果是在开具发票当月发生质量扣款，甲方和施工单位可以直接将原发票作废，然后按照扣除质量扣款后的金额重新开具发票。若发票跨月了，就不能直接作废发票。此时，施工单位应按规定开具红字发票来冲减原发票金额，再按扣除质量扣款后的金额开具蓝字发票。以一般纳税人的施工单位为例，开具红字发票时，需要在增值税发票管理系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》，税务机关通过网络接收信息表，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的信息表，并将信息同步至纳税人端系统中。施工单位凭税务机关系统校验通过的信息表开具红字专用发票，在增值税发票管理系统中以销项负数开具。这样，既符合法律规定，又能准确反映实际的交易金额。