甲方代付材料款，发票应该开给哪一方？

在甲方代付材料款的情况下，发票开具给哪一方需要依据具体的交易实质和相关法律规定来确定。

首先，从合同关系的角度来看，如果乙方（采购方）与供应商签订了材料采购合同，明确约定乙方为购买方，即便甲方代乙方支付了材料款，这也只是一种代付行为，并没有改变乙方与供应商之间的买卖关系。根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。这里的“付款方”应理解为经济业务中的购买方。所以在这种情况下，供应商应将发票开具给乙方。

其次，如果三方之间有特殊约定，比如甲方、乙方和供应商签订了三方协议，约定甲方代付材料款后，发票开给甲方，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么就可以按照三方协议的约定执行。但需要注意的是，这种约定应当明确、具体，并且各方都要清楚知晓相关权利和义务。

再者，从税务合规的角度考虑，发票的开具要与真实的业务交易相符。如果发票开具主体错误，可能会导致税务风险。例如，乙方作为实际购买方未取得发票，可能无法在企业所得税前进行成本扣除；而甲方取得了与自身业务不相关的发票，可能会被税务机关认定为虚开发票行为。

综上所述，一般情况下，若乙方是实际的购买方，发票应开给乙方；若三方有合法有效的特殊约定，则按约定执行。企业在处理这类问题时，要谨慎操作，确保符合法律法规和税务要求。