书面质证意见没记入笔录不采纳是否合法？

书面质证意见没记入笔录不采纳在一定情况下是合法的。

首先，在案件审理过程中，审判法官有权依据相关的证据规则来决定是否采纳某一证据。即便该证据经过了质证环节，法官也有自主判断的权力，不采纳并不必然构成违法。

《中华人民共和国民事诉讼法》第七十五条规定，人民法院对当事人的陈述，应当结合本案的其他证据，审查确定能否作为认定事实的根据。当事人拒绝陈述的，不影响人民法院根据证据认定案件事实。这说明法院认定事实是综合多方面证据进行判断的。对于书面质证意见没记入笔录这一情况，有可能是因为庭审过程中，书记员按照规定记录关键内容，但这份书面质证意见可能在当时的记录标准里并非必须记录的核心要点。而法院最终不采纳该书面质证意见，也许是基于整体证据体系的考量，认为其对认定案件事实没有起到关键作用。

不过，如果当事人认为法院不采纳书面质证意见存在不合理之处，且影响到了案件的公正裁决，那么可以通过合法的上诉等程序，向上级法院说明情况，由上级法院进一步审查判断原审法院的做法是否恰当。

相关概念：

质证：是指当事人、诉讼代理人及第三人在法庭的主持下，对当事人及第三人提出的证据就其真实性、合法性、关联性以及证明力的有无、大小予以说明和质辩的活动或过程。

证据规则：是指确认证据的范围、调整和约束证明行为的法律规范的总称，是证据法的集中体现，旨在保证诉讼的公平、公正，规范证据的收集、审查和判断等活动。