侵占集体土地的青苗要怎么办手续？

首先，需要明确的是，侵占集体土地本身就是一种不合法的行为。集体土地是归农民集体所有的土地，受到法律的严格保护。根据《中华人民共和国土地管理法》第九条规定，农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。

当涉及到侵占集体土地上的青苗时，不存在所谓的“办理手续使其侵占合法化”。因为侵占行为本身就是违法的，应该先解决侵占土地的问题。如果侵占行为给集体或者青苗所有者造成了损失，按照《中华人民共和国民法典》第一千一百八十四条规定，侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。也就是说，侵占者需要对青苗所有者进行赔偿。

正确的做法是，立即停止侵占行为，主动与集体组织以及青苗的所有者进行沟通协商。向他们承认错误，表达愿意积极解决问题的态度。对于青苗，如果还未造成实质性损害，双方可以协商如何妥善处理，比如由原所有者继续管理或者进行合理的移植等；如果已经造成了损害，要按照市场价格等合理方式对青苗所有者进行赔偿。

之后，要根据具体情况，按照集体土地管理的相关规定，将土地归还给集体。如果是因为合理需求需要使用集体土地，应该通过合法的途径，如向集体组织提出申请，经过相关的审批程序，签订合法的土地使用合同等，来获得土地的合法使用权。而不是试图通过办理手续使原本违法的侵占行为合法化。