户主是父亲，儿子自建房房产证应该是谁的？

在这种情况下确定房产证归属，要从多个方面来看。首先，自建房的归属认定主要看建房的出资和相关审批手续。

如果房子是儿子出资建设，那么从出资角度，儿子对该房屋享有相应权益。但建房一般需要经过相关部门的审批，审批文件上登记的申请人也会影响房屋产权归属。若审批手续是以父亲名义申请的，可能会在认定产权时产生一定影响。

依据《中华人民共和国民法典》第二百三十一条规定，因合法建造、拆除房屋等事实行为设立或者消灭物权的，自事实行为成就时发生效力。也就是说，只要建房行为合法合规，即使没有登记，建造者也依法取得房屋物权。

所以，如果儿子能证明是自己出资建房且建房行为合法，即便户主是父亲，儿子也可以是该房屋的产权人。不过，为了避免后续纠纷，建议家庭成员之间进行协商，并及时办理相关产权登记手续。若存在争议，可以通过提供出资证明、建房审批文件等证据来维护自己的权益。