为什么两院不是自治机关呢？

首先，我们来明确一下自治机关的概念。自治机关是指在民族自治地方设立的、依法行使自治权的地方国家机关。民族自治地方的自治机关是自治区、自治州、自治县的人民代表大会和人民政府。这是依据《中华人民共和国民族区域自治法》规定的，该法明确指出民族自治地方的自治机关行使宪法第三章第五节规定的地方国家机关的职权，同时依照宪法和本法以及其他法律规定的权限行使自治权。

那为什么两院（人民法院和人民检察院）不属于自治机关呢？这主要是从它们的性质和职能角度来考虑的。人民法院是国家的审判机关，它的主要职责是依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。也就是说，法院要公正地审理各类案件，维护社会的公平正义和法律的权威，这个职能是面向全社会、全国统一的标准，而不是仅针对某一个民族自治地方。

人民检察院是国家的法律监督机关，它负责对法律的执行情况进行监督，确保法律的正确实施。检察院同样要依法独立行使检察权，保证法律在全国范围内得到统一的执行和遵守。

如果将两院列为自治机关，可能会导致在司法审判和法律监督上出现地方化、差异化，不利于国家法制的统一和权威。法律的统一实施是维护国家法治秩序、保障公民权利的基础。所以，为了保证国家法律体系的一致性和权威性，两院不被列为民族自治地方的自治机关。