农民工个人所得税由公司扣除后能退吗？

农民工个人所得税由公司扣除后，在符合一定条件的情况下是可以退税的。

首先，我们来了解一下个人所得税和退税的概念。个人所得税是国家对个人取得的各项所得征收的一种税。当个人的收入达到一定标准时，就需要缴纳个人所得税。而退税是指在某些情况下，纳税人缴纳的税款超过了其实际应纳税额，税务机关会将多缴纳的部分退还给纳税人。

根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的相关规定，个人所得税实行的是预扣预缴和年度汇算的制度。公司在发放工资时扣除农民工的个人所得税，属于预扣预缴。到了年度终了，纳税人需要进行年度汇算，计算自己全年实际应缴纳的个人所得税。如果预扣预缴的税额大于全年应纳税额，就会产生退税。

具体来说，可能产生退税的情况有很多。比如，农民工有专项附加扣除项目，像子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等，但公司在预扣预缴时没有扣除，导致多扣了税。又或者农民工在一年中存在一些应税收入未达到起征点，但已经被预扣了税款，在年度汇算时也可能产生退税。

农民工可以通过个人所得税APP进行年度汇算申报。在APP上，按照系统提示填写相关信息，系统会自动计算出应退或应补的税额。如果经过计算后显示可以退税，提交退税申请，税务机关审核通过后，就会将税款退回到纳税人指定的银行账户。