贪污店里公款一千元该如何处理？

在这种情况下，需要先明确行为的性质。如果是国家工作人员利用职务便利贪污公款1000元，虽然数额未达到较高标准，但根据《刑法》第三百八十三条规定，个人贪污数额不满五千元，情节较重的，处二年以下有期徒刑或者拘役；情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。

若不是国家工作人员，而是普通公司、企业人员利用职务便利侵占店里公款1000元，通常未达到职务侵占罪的刑事立案标准（一般为6万元以上），无需刑法制裁，公司可依照内部规章制度对相关责任人进行处理，比如警告、罚款、解除劳动合同等。

另外，不管是否构成犯罪，店里都可以要求该员工返还被贪污的1000元。如果员工拒绝返还，店里可以通过向人民法院提起民事诉讼的方式来维护自身合法权益。