公司拖欠工资且恶意扣款，该如何申请劳动仲裁？

如果公司存在拖欠工资、恶意扣款的情况，作为劳动者是有权申请劳动仲裁来维护自身合法权益的。

首先来解释一些相关法律概念。劳动仲裁，简单来说，就是当劳动者和用人单位之间发生劳动纠纷，比如工资、福利等方面的争议，由专门的仲裁机构来进行裁决的一种方式。这能公正、快速地解决纠纷，保障双方的合法权益。

相关法律也明确规定了用人单位的责任。《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。第九十一条指出，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金 。

接下来讲讲申请劳动仲裁的具体步骤和需要准备的材料。

需要准备的材料有：

1. 仲裁申请书：要详细写明您的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；仲裁请求和所根据的事实、理由；证据和证据来源、证人姓名和住所等。

2. 个人身份证明文件：比如身份证复印件，用来证明您的身份。

3. 能够证明您与该公司存在劳动关系的相关证明材料：像劳动合同、工作证、考勤记录、工资条等，这些材料能证明您确实在这家公司工作。

4. 能够证明公司拖欠工资和恶意扣款事实的相关证据：比如工资发放记录（银行流水等）、公司的扣款通知等。

申请的流程如下：

1. 去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。部分地区还需要提供用人单位的工商登记信息。

2. 提交材料后，仲裁委一般会在5个工作日内给予立案，而且劳动仲裁委是不收费的。

3. 立案后，仲裁委会给双方举证期，让双方提交证据。

4. 之后会安排开庭审理，并且在审理过程中对双方进行调解。如果调解成功，那就按照调解结果执行；如果调解不成，仲裁委会下达裁决书。一般来说，劳动仲裁会在60天内结案。

如果对裁决书不服，还可以在规定时间内向法院起诉 。总之，通过合法的途径和充分的准备，您的合法权益是能够得到保障的。