法院查封有抵押的机动车该怎么处理？

当法院查封有抵押的机动车时，处理方式需要遵循相关的法律规定和流程。

首先，我们来了解一下“抵押”和“查封”的概念。抵押是指债务人或者第三人不转移对财产的占有，将该财产作为债权的担保。当债务人不履行债务时，债权人有权依照法律规定以该财产折价或者以拍卖、变卖该财产的价款优先受偿。而查封是指人民法院在利害关系人起诉前或者当事人起诉后，为保障将来的生效判决能够得到执行或者避免财产遭受损失，对当事人的财产或者争议的标的物，采取限制当事人处分的强制措施。

依据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》，法院可以对有抵押的机动车进行查封。虽然车辆已经抵押给债权人，但这并不影响法院的查封行为。查封后，车辆的所有权人在查封期间不得对车辆进行转让、过户等处分行为。

在执行阶段，如果被执行人未履行生效法律文书确定的义务，法院有权对查封的车辆进行处置。一般来说，会通过拍卖、变卖等方式将车辆变现。对于车辆上的抵押权，根据《民法典》第四百一十四条规定，同一财产向两个以上债权人抵押的，拍卖、变卖抵押财产所得的价款依照下列规定清偿：（一）抵押权已经登记的，按照登记的时间先后确定清偿顺序；（二）抵押权已经登记的先于未登记的受偿；（三）抵押权未登记的，按照债权比例清偿。其他可以登记的担保物权，清偿顺序参照适用前款规定。也就是说，拍卖所得的价款会先用于清偿抵押权人的债权，如果还有剩余，再用于清偿申请执行人的债权。

如果车辆拍卖所得价款不足以清偿所有债务，不足部分被执行人仍需继续承担偿还责任。此外，如果在执行过程中，当事人对车辆的查封、处置等有异议，可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向法院提出执行异议申请，通过法定程序来维护自己的合法权益。