百分之三的专票按百分之九抵扣，该如何计税？

在探讨百分之三的专票按百分之九抵扣如何计税之前，我们先来了解一下相关概念。增值税专用发票是企业用于抵扣进项税额的重要凭证，而税率则是计算税额的关键因素。通常情况下，专票上标注的税率是多少，就按多少来抵扣进项税，但在一些特定情形下，会出现按不同税率抵扣的情况。

这里提到百分之三的专票按百分之九抵扣，主要涉及到农产品的相关规定。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，以及相关税收政策，纳税人购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。如果是从小规模纳税人处取得的按照3%征收率计算缴纳增值税的农产品专用发票，也可以按照上述规定，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。

接下来，我们看具体的计税方法。假设取得了一张金额为1000元（不含税），税率为3%的农产品专票，税额为30元。但在计算进项税额时，不按照发票上的30元来抵扣，而是按照买价1000元乘以9%的扣除率来计算，即可以抵扣的进项税额为1000×9% = 90元。

在申报纳税时，将计算得出的可抵扣进项税额90元填入增值税纳税申报表相应的栏次中。在计算应纳税额时，应纳税额 = 当期销项税额 - 当期进项税额。例如，当期销项税额为200元，那么当期应纳税额 = 200 - 90 = 110元。

需要注意的是，在进行百分之三的专票按百分之九抵扣时，要严格按照税法规定的范围和条件执行。只有符合农产品相关规定的专票才能这样操作，否则可能会面临税务风险。同时，企业要妥善保管好相关的发票和凭证，以备税务机关检查。