农民工扣个人所得税是否合法？

首先，我们来解释一下个人所得税。个人所得税是国家对个人取得的各项所得征收的一种税。只要个人取得的收入达到了税法规定的纳税标准，就需要缴纳个人所得税，这和从事什么职业没有关系，农民工也不例外。

根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。同时，该法明确了应纳税所得包括工资、薪金所得等多项。工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。

对于农民工来说，如果其工资收入达到了个人所得税的起征点，目前我国个人所得税起征点是每月5000元（综合所得），也就是年收入6万元。当农民工的月工资超过5000元或者年收入超过6万元时，就需要按照相应的税率缴纳个人所得税。这是合法且符合规定的。所以，农民工被扣除个人所得税，如果是在收入达到纳税标准的情况下，那就是合法的，这是每个公民应尽的纳税义务。