强奸案被告不承认该怎么办？

在强奸案中，如果被告不承认犯罪事实，司法机关并不会仅仅依据被告的口供来判定案件。

首先，需要明确强奸罪的定义。根据《中华人民共和国刑法》第二百三十六条规定，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。这里所说的“暴力、胁迫或者其他手段”，是指违背妇女意志，使妇女不能反抗、不敢反抗或者不知反抗的手段。

在司法实践中，即便被告不承认，但只要有充分的证据证明其实施了强奸行为，依然可以对其定罪量刑。证据包括很多种类，比如被害人的陈述，这是重要的证据来源之一，被害人可以详细描述案发的时间、地点、经过等情况。还有物证，像现场遗留的毛发、衣物纤维、血迹等，通过科学的鉴定可以与被告或被害人建立联系。证人证言也很关键，如果有其他人目睹了案发过程或者了解相关情况，他们的证言可以为案件提供佐证。此外，视听资料，如监控录像等，也能直观地反映部分事实。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。证据确实、充分，应当符合以下条件：（一）定罪量刑的事实都有证据证明；（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。所以，只要司法机关收集到的证据能够形成完整的证据链，达到上述标准，即使被告不承认，也能对其进行定罪。