申请工伤认定后，最终到底谁负责赔偿呢？

申请工伤认定后，赔偿责任的承担主体需要分情况来看：

首先，如果用人单位依法为职工缴纳了工伤保险费，那么工伤赔偿项目由用人单位和工伤保险基金分别承担。工伤保险基金承担的部分主要依据《中华人民共和国社会保险法》第三十八条规定，因工伤发生的一些费用，如治疗工伤的医疗费用和康复费用、住院伙食补助费等，按照国家规定从工伤保险基金中支付。而用人单位则需承担如停工留薪期工资福利待遇、五级和六级伤残职工按月领取的伤残津贴等。

其次，若用人单位未缴纳工伤保险费，那么由用人单位支付全部工伤赔偿项目。这是因为根据《中华人民共和国社会保险法》第四十一条规定，职工所在用人单位未依法缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由用人单位支付工伤保险待遇。

另外，如果用人单位不支付工伤赔偿费用，工伤保险基金将先行支付，然后向用人单位追偿。也就是说，职工的权益会先得到保障，后续再由相关机构向用人单位追讨相应费用。