套用公司资金罪由谁来起诉？

在我国，关于套用公司资金罪的起诉主体问题，需要从不同角度进行分析。

首先，我们来了解一下“套用公司资金罪”，实际上在法律中比较相近的罪名是“挪用资金罪”。挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。

从法律规定来看，《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，对于刑事犯罪，主要的起诉方式分为公诉和自诉。挪用资金罪属于公诉案件。这意味着，该罪名的起诉主要由人民检察院代表国家来进行。当公司发现有人套用资金，涉嫌挪用资金罪时，公司应该向公安机关报案。公安机关会对案件进行侦查，收集相关证据，查明犯罪事实。

如果公安机关经过侦查，认为犯罪嫌疑人的行为确实构成挪用资金罪，会将案件移送至人民检察院审查起诉。人民检察院会对公安机关移送的案件进行全面审查，包括证据是否充分、犯罪事实是否清楚等。如果人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，就会向人民法院提起公诉，由人民法院对案件进行审判。

而公司作为受害者，在整个过程中主要是起到报案和配合调查的作用。公司可以提供相关的财务资料、证人证言等证据，帮助公安机关和人民检察院查明案件事实。虽然公司不能直接向法院起诉犯罪嫌疑人，但公司可以通过刑事附带民事诉讼的方式，要求犯罪嫌疑人返还被挪用的资金，赔偿公司因此遭受的损失。

综上所述，套用公司资金构成挪用资金罪时，由人民检察院负责起诉，但公司在维护自身权益方面也有相应的权利和途径。