为什么不起诉却仍会留下案底？

首先要明确，案底在法律上一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，按照最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部印发的《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》规定，它是某人犯罪行为的记录，通常存放在公安部门 。

不起诉却可能留下案底，需要分不同的不起诉情形来看：

法定不起诉方面，如果是因为不构成犯罪而法定不起诉，这种情况不存在犯罪记录，自然也就没有案底。但要是因为法律规定不应追究刑事责任（前提是构成犯罪，只是基于特殊法律原因不追究）而法定不起诉，那么是有案底的。例如犯罪已过追诉时效期限，虽然不追究责任，但犯罪事实存在，会有案底。

相对不起诉，从法律规定来讲是没有案底的。相对不起诉是检察院认为犯罪嫌疑人犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时作出的不起诉决定。只要未经法院判决有罪，就不会留有案底，因为检察院的不起诉决定未经人民法院裁判，从刑法意义上讲不导致行为人有罪的法律后果，行为人属于无罪之人，所以无案底。

存疑不起诉，根据刑事诉讼法相关规定，是检察院对经过补充侦查的案件，仍认为证据不足不符合起诉条件而作出的不起诉决定。从疑罪从无角度，嫌疑人不构成犯罪，所以存疑不起诉通常没有犯罪记录，不存在案底。

不过实践中情况可能更复杂，有时公安机关在办案过程中采取了拘留等措施，即便检察院最终不起诉，在公安机关的办案记录中可能仍有相关记载。但这并不等同于法律意义上的案底。如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，不应有案底；若不是因无违法犯罪事实，而是因犯罪情节轻微等被不起诉，可能会有相应案底记载。

总之，不起诉是否留案底不能一概而论，要依据具体不起诉情形和案件实际情况来判断。