男孩16岁、女孩13岁，只有口供和聊天记录的情况下，强奸罪能否定罪？

在男孩16岁、女孩13岁，仅有口供和聊天记录的情况下，通常是不能认定强奸罪的。

首先，从法律的基本原则来看，对于刑事案件的定罪，需要遵循“证据确实、充分”的原则。这意味着需要有足够的、能够相互印证的证据来证明犯罪事实的存在。仅仅依靠双方的口供或者聊天记录，很难达到这一标准。口供可能因为各种原因存在不真实、不准确的情况，而聊天记录也可能存在被篡改、断章取义等问题。

其次，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。这就是所谓的“仅凭口供不能定案规则”，也就是需要有其他的补强证据，对口供进行补充和印证，才能据此判定被告人是否有罪。在强奸罪的认定中，一般还需要诸如被害人的询问笔录（详细了解案发经过、双方关系等情况）、鉴定意见（比如是否存在违背妇女意志、是否有身体损伤等方面的鉴定）等证据。例如，如果有相关的医学鉴定，证明女孩在与男孩接触后身体上存在与性行为相关的损伤，再结合其他证据，就更有可能认定强奸罪。

最后，对于16岁的男孩，虽然在刑事责任年龄范围内，但在具体量刑时，会考虑其年龄等因素。而与13岁的女孩发生性关系，不论女孩是否自愿，从法律角度看，都涉嫌强奸罪，因为13岁的女孩属于幼女，法律对幼女是给予特殊保护的。但认定犯罪依然需要充足的证据支持，不能仅凭口供和聊天记录就定罪。