国家是否依法保护有关机关专门的身份和合法权益？

国家是依法保护有关机关专门的身份和合法权益的。这里所说的有关机关，通常是指具有特定职能和权力的国家机关，像公安机关、检察机关、审判机关等。

从法律角度来看，这些机关的专门身份是由法律赋予的，具有权威性和排他性。例如，公安机关是维护社会治安、打击违法犯罪的重要力量，其身份和职责是由《中华人民共和国人民警察法》等相关法律明确规定的。法律规定了警察的职权范围、执法程序等，这就从法律层面确立了公安机关的专门身份。

而对于有关机关的合法权益，同样受到法律的严格保护。合法权益包括机关在履行职责过程中所享有的各种权利和利益。以审判机关为例，《中华人民共和国人民法院组织法》保障了人民法院依法独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。这意味着法院在审判案件时，其审判权这一重要的合法权益受到法律的保护。

此外，《中华人民共和国国家赔偿法》也从另一个角度对有关机关的合法权益进行了保障。当有关机关的工作人员在执行职务过程中，因合法行为给公民、法人或者其他组织造成损失时，国家会按照法律规定给予相应的赔偿，这也体现了对有关机关依法行使职权的支持和保护。总之，国家通过一系列的法律法规，全面保护有关机关专门的身份和合法权益。