综合计算工时的员工加班工资怎么算？

综合计算工时工作制是指因工作性质特殊或者受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。实行这种工时制度的员工，其工作时间不区分正常工作日与休息日，而是以一定周期内的总工作时间来判断是否存在加班。

根据《工资支付暂行规定》第十三条规定，经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。也就是说，在综合计算周期内，如果员工的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，超过部分应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资。

需要注意的是，若在综合计算周期内的某一具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间的，不算加班。但如果在法定节假日安排劳动者工作的，无论是否超过综合计算周期内的总法定标准工作时间，都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。

举例来说，某员工所在企业实行以季度为周期的综合计算工时工作制，该季度法定标准工作时间为500小时，而该员工实际工作了550小时，那么超过的50小时就属于延长工作时间，企业应按照不低于其本人小时工资标准的150%支付这50小时的加班工资。如果该季度内有法定节假日，且该员工在法定节假日工作了，那么对于法定节假日当天的工作，企业要按照不低于其本人日或小时工资标准的300%支付工资。

总之，综合计算工时的员工加班工资计算，关键在于准确确定综合计算周期内的总工作时间与法定标准工作时间，并根据不同情况按照相应比例支付加班工资。