甲因犯间谍罪被国家安全机关判处刑罚，这种情况合法吗？

首先，国家安全机关有权对间谍犯罪进行侦查等工作，并且甲因犯间谍罪被国家安全机关判处刑罚这种表述不太准确，通常是国家安全机关侦查终结后移送检察院审查起诉，最终由法院进行审判并判处刑罚。

间谍罪是一种危害国家安全的严重犯罪行为。根据《中华人民共和国刑法》第一百一十条规定，有下列间谍行为之一，危害国家安全的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑；情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑：（一）参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的；（二）为敌人指示轰击目标的。

间谍罪侵犯的客体是中华人民共和国的国家安全。国家安全是国家生存和发展的基础，间谍行为会严重威胁到国家的主权、领土完整和安全等核心利益。

对于甲的情况，如果其实施了上述法律规定的间谍行为，那么经过法定的侦查、起诉、审判程序，被法院判处刑罚是合法合理的。整个司法过程遵循了刑事诉讼法规定的程序，以确保公正和合法。从侦查阶段，国家安全机关依法收集证据、查明犯罪事实；到审查起诉阶段，检察院对证据进行审查并决定是否提起公诉；最后到审判阶段，法院根据事实和法律作出判决。这样的流程保障了司法的公正性和严肃性。