用人单位非法解除劳动合同，劳动者两年以后申请仲裁合法吗？

在用人单位非法解除劳动合同的情况下，劳动者两年以后申请仲裁是不合法的。

这里涉及到一个重要的法律概念，即仲裁时效。仲裁时效是指权利人向仲裁机构请求保护其权利的法定期限。就劳动争议而言，法律规定了明确的仲裁时效期间，这是为了促使当事人及时行使权利，维护劳动关系的稳定和正常秩序。

根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。也就是说，从劳动者知道或者应当知道用人单位非法解除劳动合同侵害了自己权益的时候开始算，要在一年内申请仲裁。如果劳动关系已经结束，也需要在结束后的一年之内提出仲裁申请。过了这个时效期间，劳动者的仲裁请求可能会面临不被受理或者败诉的风险。

不过，在某些特殊情况下，仲裁时效可能会中止、中断。比如，因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。又或者，当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。但就劳动者两年后申请仲裁的一般情况而言，已超过法定时效。