应纳税所得额是补还是退，从哪里扣除呢？

应纳税所得额并不是直接决定补税或者退税以及扣除的关键，而是通过应纳税所得额计算出应纳税额，再与已预缴税额对比，来确定是补税还是退税。

应纳税所得额是指按照税法规定确定纳税人在一定期间所获得的所有应税收入减除在该纳税期间依法允许减除的各种支出后的余额，它是计算企业所得税税额的计税依据。比如，一家企业一年的收入是100万元，各种合法的成本、费用等支出是80万元，那么应纳税所得额就是20万元。

在计算出应纳税额后，与已预缴税额对比，如果已预缴税额大于应纳税额，就会产生退税；反之，则需要补税。依据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例规定，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。

至于补税或者退税的扣除和返还途径。对于个人所得税来说，退税一般会直接退回到纳税人在办理汇算清缴时绑定的本人银行卡账户中。而补税，如果是单位代扣代缴的，可能会从后续的工资等收入中扣除相应金额来补缴；如果是个人自行申报补税，纳税人需要通过电子税务局、办税服务厅等渠道，使用银行卡等方式缴纳税款。企业所得税的补税通常也是企业通过电子税务局等平台，从企业的银行账户中划扣相应款项；退税则会退回到企业指定的银行账户。