合作社应该开什么科目的发票？

首先，要明确发票科目和具体的业务活动是紧密相关的。合作社在经营过程中，开展不同的业务，所开具发票的科目也不一样。

如果合作社销售的是自己生产的农产品，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。在这种情况下，合作社给购买方开具的发票通常是增值税普通发票，发票科目一般为“农业产品”，像小麦、玉米、水果、蔬菜等都属于这一范畴。

要是合作社提供农业服务，比如农业机耕、排灌、病虫害防治、植物保护等，依据财税〔2016〕36号文附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》，这些农业服务是免征增值税的。此时开具的发票科目就是“农业服务”。

当合作社销售的是非自产的农产品，或者是经过加工后的农产品，像将水果制成水果罐头销售，就需要按照规定缴纳增值税，一般纳税人可以开具增值税专用发票或者增值税普通发票，发票科目为“加工农产品”等。小规模纳税人可以向税务机关申请代开增值税专用发票，开具发票科目同样要根据具体销售的产品来确定。

总之，合作社开具发票的科目要严格依据实际发生的业务类型来确定，并且要遵循相关的税收法律法规。若在实际操作中不确定，可向当地税务机关咨询，避免因发票科目开具错误带来税务风险。