两年以后被告强奸该怎么办？

如果两年以后被告强奸，以下是一些需要了解和应对的要点：

首先，要明确强奸罪的认定需要有充分的证据支持。根据《刑法》第二百三十六条规定，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑；奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚；存在强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣等特定情形的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。也就是说，司法机关必须依据法律规定，收集足够能证实强奸行为发生的证据，比如案发现场残留物品、受害者陈述、DNA检测结果等。如果证据不足，就不能认定被告实施了强奸犯罪行为。

其次，需要判断指控方是否存在主观恶意。如果指控方是为了达到让被告入狱的目的，故意捏造事实进行控诉，那么这种行为可能构成诬告罪。在这种情况下，被告可以将其告上法庭，控诉其诬告行为。例如，有人为了报复他人，编造虚假的强奸事实进行报案，这种就属于有主观恶意的诬告行为。

如果指控方没有主观恶意，仅仅是误报，当最终证实被告并未触犯强奸罪时，被告有权针对此事提起民事诉讼，向错告的人寻求赔偿。因为错告的行为可能给被告的名誉、生活等方面带来不良影响，被告可以通过民事诉讼要求赔偿相应的损失。

对于被告来说，具体的应对措施包括：一是保存相关证据，如聊天记录、证人证言等，以证明自身清白；二是及时联系律师，了解案情并制定合理的辩护策略；三是积极配合司法程序，如实陈述事实，争取公正审判。