一、法律条文解读
在我国法律体系中，对于被告人羁押期间工资处理有明确规定。《刑事诉讼法》第十六条规定了多种不追究刑事责任的情形，当检察机关依照此条规定决定不起诉时，被告人的工资处理需根据具体情况而定。
对于国家机关和事业单位工作人员，被羁押期间通常会停发工资。这是因为羁押期间，工作人员无法正常履行工作职责，单位可以暂停继续履行与该劳动者的劳动合同，而工资报酬一般包含在劳动合同之内，所以工资会被暂停发放。
二、不同情形下的工资处理方式及案例分析
（一）检察机关决定不起诉且被告人未受其他处罚，原单位也未作处理的情况
例如，被告人李某因涉嫌经济犯罪被羁押，后检察机关经审查认为证据不足，依照《刑事诉讼法》第十六条决定不起诉，李某也未受到劳动教养或治安处罚，原所在单位也未给予任何纪律处分。这种情况下，李某的工资一般应予以补发，以保障其合法权益。因为在法律上，李某最终未被认定有罪，不应因其被错误羁押而遭受经济损失。
（二）检察机关虽决定起诉但法院宣判无罪的情况
被告人张某因被怀疑盗窃单位财物而被羁押，检察机关提起公诉后，法院经审理认为证据不充分，宣判张某无罪。在这种情况下，张某被羁押期间停发的工资应当予以补发。因为张某在法律上被认定为无罪，其合法权益应得到恢复和保障。
（三）被告人被治安拘留的情况
若工作人员被治安拘留，其被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴一般不予补发。比如，王某因违反治安管理规定被治安拘留，在此期间其工资、奖金等会按照规定减发或扣发，且事后不会补发。这是因为治安拘留是对其违法行为的一种处罚，相应的经济处罚也是合理的。
三、实用的法律建议
对于被告人及其家属：
- 密切关注案件进展，及时了解检察机关的处理决定和法院的判决结果。如果被告人最终被认定无罪或检察机关决定不起诉，应积极与所在单位沟通，要求补发羁押期间的工资。
- 收集和保留与案件相关的证据，如羁押证明、不起诉决定书、无罪判决书等，以便在与单位协商工资补发问题时作为依据。
对于用人单位：
- 严格按照法律规定处理被告人羁押期间的工资问题，避免因不当处理引发劳动纠纷。在被告人被羁押期间，可以暂停发放工资，但在案件有明确结果后，应根据具体情况及时作出相应处理。
- 建立健全内部管理制度，明确在员工被羁押等特殊情况下的工资处理流程和标准，确保处理过程合法、合规、公正。
总之，被告人羁押期间工资处理问题需要根据具体情况，严格依照法律规定进行。无论是被告人及其家属还是用人单位，都应了解相关法律知识，依法维护自身权益，避免不必要的法律风险。