申请了专项附加扣除但公司没有扣除怎么办？

首先，专项附加扣除是国家为了减轻纳税人负担而推出的一项政策。简单来说，就是符合一定条件的纳税人可以在计算应纳税所得额时，额外扣除一些特定的费用，比如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金以及赡养老人等方面的支出。

根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》以及《国家税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）>的公告》规定，纳税人享受专项附加扣除，应当按照享受的专项附加扣除项目，填报《个人所得税专项附加扣除信息表》相应栏次内容，并报送扣缴义务人或者税务机关。扣缴义务人也就是公司，有责任按照纳税人提供的信息计算办理扣缴申报，不得擅自更改纳税人提供的相关信息。

如果申请了专项附加扣除但公司没有扣除，可能存在多种原因。一种可能是公司在操作过程中出现失误，没有及时获取到你的扣除信息或者在计算工资时遗漏了这部分扣除。另一种可能是你提供的信息存在问题，比如填写不完整、不准确等。

遇到这种情况，你可以先与公司的财务部门或者人力资源部门沟通，了解他们没有扣除的具体原因。如果是因为公司操作失误，要求他们及时更正并在后续的工资计算中进行扣除。如果公司拒绝处理或者拖延处理，你可以向当地的税务机关反映情况。税务机关会根据相关规定进行调查处理，保障你的合法权益。同时，你也可以通过个人所得税APP等渠道，自行办理年度汇算清缴，在汇算清缴时享受相应的专项附加扣除，多退少补税款。