为什么填写了专项扣除还是会扣税？

首先，我们要理解几个关键概念。个人所得税专项附加扣除是国家为了减轻纳税人负担，在计算应纳税所得额时额外扣除的项目，比如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等。应纳税所得额是计算个人所得税的基础，它是用你的综合所得收入减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额。

填写了专项附加扣除后仍可能扣税，有多种原因。一方面，可能是扣除额度不足以覆盖应纳税所得。根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条规定，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。如果你的年收入较高，即便扣除了专项附加扣除，应纳税所得额仍为正数，就需要缴纳个人所得税。例如，你的年收入是20万元，一年减除费用6万元，即使有专项附加扣除3万元，应纳税所得额还是11万元，这部分就需要按规定缴纳个税。

另一方面，可能是扣除计算的时间问题。专项附加扣除一般是在预扣预缴环节扣除的，但预扣预缴的计算是按照累计预扣法。在一个纳税年度内，随着收入的累计增加，可能前期扣除后不用交税，但后期由于累计收入增多，达到了纳税标准就会开始扣税。比如，年初几个月工资较低，加上专项附加扣除后不用交税，但到了下半年工资提高，累计应纳税所得额超过了扣除额度，就会产生扣税情况。

此外，也有可能是专项附加扣除信息填写有误。如果填写的信息不准确或者不完整，导致税务机关没有正确计算扣除，也会出现填写了专项扣除仍扣税的情况。这时，你需要及时检查并更正填写的信息。