自然人独资的有限公司能开出十三个点的发票吗？

首先，我们来解释一下几个关键概念。发票是在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。十三个点的发票通常指的是增值税税率为13%的增值税专用发票。增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明。

对于自然人独资的有限公司而言，能否开出13%税率的发票，关键在于该公司是否为增值税一般纳税人。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其相关规定，增值税纳税人分为一般纳税人和小规模纳税人。一般纳税人适用不同的税率，而小规模纳税人通常按照征收率计算缴纳增值税，征收率一般为3%（在一些特殊情况下有优惠政策）。

如果自然人独资的有限公司符合增值税一般纳税人的认定标准并完成了一般纳税人的登记，那么在销售或者进口货物（如销售货物、提供加工修理修配劳务、销售有形动产租赁服务等适用13%税率的应税行为）时，是可以开具税率为13%的增值税专用发票的。认定标准通常包括年应征增值税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准等情况。不过，即使销售额未超过标准，但会计核算健全，能够提供准确税务资料的，也可以向主管税务机关办理一般纳税人登记。

反之，如果该公司是小规模纳税人，通常是不能直接开具13%税率的发票的。但小规模纳税人在符合一定条件下，可以向税务机关申请代开增值税专用发票，不过代开的发票税率一般按照小规模纳税人的征收率来确定。当然，小规模纳税人也可以通过申请转为一般纳税人后，按照一般纳税人的规定开具相应税率的发票。