法院制度违法导致书记员辞职有补偿吗？

在这种情况下，书记员通常是可以获得补偿的。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的。如果法院的制度违法，并且该违法制度损害了书记员的权益，那么书记员依据此条规定提出辞职是合法合理的。

接着，《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条规定，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的。也就是说，当书记员因为法院制度违法损害自身权益而辞职时，法院需要向其支付经济补偿。

经济补偿的标准，依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

所以，在法院制度违法导致书记员辞职的情况下，书记员有权根据上述法律规定获得相应的经济补偿。书记员可以与法院进行沟通协商补偿事宜，如果协商不成，可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。