职务侵占5000元会如何处理？

首先，根据相关法律规定，公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在五千元至一万元以上的，应予立案追诉。不过，现在司法实践中，一般认为职务侵占罪的入罪数额标准为六万元 。所以单纯职务侵占5000元的话，通常不会被追究刑事责任。

虽然不构成刑事犯罪，但并不意味着这种行为就不用承担任何后果。从民事角度来说，公司有权要求侵占人返还被侵占的5000元财物。如果因为该侵占行为给公司造成了其他经济损失，比如导致公司业务停滞产生的额外费用等，公司也可以通过民事诉讼，要求侵占人赔偿相应的损失。

从公司内部管理来看，公司可以依据自身的规章制度，对实施职务侵占行为的员工进行纪律处分，比如警告、罚款、降职、辞退等。

相关法律依据是《中华人民共和国刑法》第二百七十一条规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。这里‘数额较大’目前司法实践多以六万元为标准。

相关概念：

职务侵占罪：是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有的犯罪行为。

立案追诉：就是公安机关、检察院等司法机关，按照法律规定，对有犯罪嫌疑的行为进行立案侦查、追究刑事责任的程序。