支付滞期费后海关只开部分发票是否合理？

在探讨支付滞期费后海关开部分发票这一问题时，我们首先要明白滞期费和发票开具的相关概念。滞期费通常是指在货物进出口过程中，由于货物在海关监管场所停留时间超过规定期限，而由货主向海关或相关部门支付的费用。发票则是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。

从法律角度来看，根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。海关作为国家行政机关，在收取滞期费这一经营业务活动中，同样有义务按照规定开具发票。并且，开具的发票金额应当与实际收取的款项金额一致。

如果海关只开具了部分滞期费的发票，这可能存在以下几种情况。一种情况是，海关可能认为部分滞期费属于其他性质的费用，不应当在本次发票中开具。但这种情况需要有明确的法律依据和合理的解释。另一种情况可能是工作失误。如果是工作失误，海关在发现后应当及时纠正并补开发票。

作为缴费人，如果遇到海关只开部分发票的情况，首先可以与海关进行沟通，了解其只开具部分发票的原因。如果海关给出的理由不充分或者不符合法律规定，可以要求海关按照实际支付的滞期费金额全额开具发票。如果沟通无果，可以向上级海关部门或者相关监督机构反映情况，维护自己的合法权益。同时，缴费人也可以保留好支付滞期费的相关凭证，如支付记录、收据等，以备后续维权使用。