农村集体企业破产后土地归属由哪个部门管理？

农村集体企业破产后土地归属的管理部门，涉及到多个方面的法律规定和情况。

首先，我们来明确一些基本概念。农村集体土地是归农民集体所有的，这与国有土地有所不同。农村集体企业使用的土地一般是通过集体内部的相关程序获得使用权限。

依据《中华人民共和国土地管理法》，农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。这意味着对于农村集体土地的基本权属登记等管理工作，县级人民政府是有职责的。

当农村集体企业破产时，如果该企业土地的使用是经过合法审批且符合相关规划的，一般来说，村集体经济组织或者村民委员会对于该土地的后续处理有一定的参与权和管理权。因为村集体经济组织是代表农民集体行使集体土地所有权的主体。

在实际操作中，土地归属的管理可能还会涉及到其他部门。比如自然资源部门，它负责土地的规划、用途管制等工作。如果农村集体企业破产后土地的用途需要调整或者重新规划，自然资源部门就会参与其中。例如，如果要将原本用于企业生产的土地转变为农业用地或者其他符合规划的用途，就需要自然资源部门进行审批和管理。

另外，农业农村部门在某些情况下也可能会参与管理。因为农村土地与农业生产密切相关，如果土地后续的使用涉及到农业生产经营等方面，农业农村部门会对其进行指导和监管。

综上所述，农村集体企业破产后土地归属的管理，不是单一部门的职责，而是多个部门相互协作。县级人民政府进行权属确认，村集体经济组织或村民委员会参与处理，自然资源部门负责规划和用途管制，农业农村部门在涉及农业生产方面进行监管。具体情况还需要根据当地的实际政策和土地的具体状况来确定。