发工资超五千没代扣个税，申报的时候会扣款吗？

首先，我们来了解一些基本概念。个人所得税是国家对个人取得的各项所得征收的一种税。当个人工资收入超过一定标准时，就需要缴纳个人所得税。目前我国个税起征点是每月5000元，也就是年收入6万元。

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。这里的扣缴义务人通常就是我们的公司。

对于工资超过五千没代扣个税在申报时是否会扣款，分两种情况来看。如果公司作为扣缴义务人没有履行代扣代缴义务，税务机关会向纳税人（也就是你）追缴税款，你需要按照规定补缴相应的个税。不过，你本身并没有故意不缴纳税款的行为，所以一般不会对你进行罚款。

而公司作为扣缴义务人，会面临税务机关的处罚。税务机关会根据公司应扣未扣的税款金额，对公司处以应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款。所以，从纳税人的角度来说，申报时主要是补缴税款，而不是被额外扣款，但公司会因为未履行代扣代缴义务而受到处罚。