土地使用证显示三层但实际超过了该怎么办？

当土地使用证显示允许建设三层，而实际建设超过了这个层数时，这属于违反规划许可进行建设的行为，在法律上通常被认定为违建。下面为您详细介绍相关法律规定及可能的处理方式。

首先，依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

如果超出部分对规划实施的影响较小，尚可采取改正措施消除影响，比如经过专业评估，超出的楼层不会影响整体的规划布局、公共安全等，那么相关部门可能会责令限期改正，并根据建设工程造价处以百分之五以上百分之十以下的罚款。您需要按照要求进行整改，比如拆除超出的部分，使其符合土地使用证的规定。

若超出部分无法采取改正措施消除影响，例如超出的楼层严重影响了周边建筑的采光、通风，或者违反了消防、安全等强制性规定，相关部门可能会责令限期拆除。如果不能拆除，会没收实物或者违法收入，同时还可能并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

当遇到这种情况时，您应该主动与当地的城乡规划主管部门或相关土地管理部门取得联系，如实说明情况。积极配合调查，按照部门的要求提供相关的资料和信息。了解具体的处理程序和要求，按照规定的时间和方式进行整改或接受处罚。