三年前同居现在被起诉强奸该怎么办？

首先要保持冷静。强奸罪，简单来说，就是用暴力、胁迫或者其他手段，违背妇女的意愿，强行和妇女发生性关系。按照《刑法》第二百三十六条规定，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。

面对现在被起诉的情况，国家侦查机关得收集充足证据来证实这个指控。要是证据不足，那意味着您没犯这个罪。如果对方是出于诋毁等恶意目的，故意捏造虚假事实去指控您，这种行为可能涉嫌诬告罪。不过是否构成诬告罪，得看对方是不是怀着让您被定罪的恶意，故意制造假证据来指责您。要是真有这种恶意，您可以追究对方诬告罪的责任。

要是对方不是故意的，只是错误指控，等最终调查结果出来，确认您确实没犯罪，您有权对这个起诉提出异议，还能通过民事诉讼程序，向对方索要经济补偿。

在这个过程中，您要积极配合司法机关的调查，提供能证明自己清白的证据，比如你们曾经相处和谐的证据，像共同生活的照片、温馨的聊天记录等，来证明当时发生的关系是双方自愿的。

相关概念：

诬告罪：指故意捏造犯罪事实，向公安、司法机关或者有关国家机关告发，意图使他人受刑事追究，情节严重的行为。

强奸罪：违背妇女意志，使用暴力、胁迫或者其他手段，强行与妇女发生性交的行为，或者故意与不满14周岁的幼女发生性关系的行为。