单位虚开发票由谁补缴？

单位虚开发票后补缴税款的责任主体，需要依据具体情况来判定。

首先，从法律原理上来说，单位是一个独立的法律主体，在虚开发票的行为中，单位实施了违法行为，按照“行为与责任相适应”的原则，单位本身通常要对其行为负责。《中华人民共和国税收征收管理法》规定，纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。这里的纳税人，如果是单位虚开发票涉及的税款补缴问题，单位就是纳税主体，所以单位有补缴税款的义务。

然而，在实际情况中，如果单位虚开发票是由单位内部特定人员的故意行为导致，例如法定代表人、财务负责人等，这些人员可能会被追究相应的法律责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，单位犯本条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处相应的刑罚。在这种情况下，虽然单位补缴税款，但直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能会面临刑事处罚以及单位内部的追偿。

此外，如果单位虚开发票后发生了注销等情况，税务机关可能会根据具体情况，要求对单位负有清算义务的主体来承担补缴责任。例如，如果股东在单位注销过程中存在未依法清算等过错行为，股东可能要对单位未缴纳的税款承担补缴责任。

综上所述，一般情况下单位是虚开发票补缴税款的责任主体，但在特定情形下，相关责任人员、清算主体等也可能承担补缴责任。