员工有扣款应填在个税的哪一项中？

在探讨员工有扣款应填在个税的哪一项之前，我们先明确几个关键的法律概念和规定。个人所得税是国家对本国公民、居住在本国境内的个人的所得和境外个人来源于本国的所得征收的一种所得税。依据《中华人民共和国个人所得税法》第六条规定，应纳税所得额的计算方式为：居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。

接下来分析不同类型的扣款情况。首先是因违反公司规章制度产生的扣款，像迟到、早退等情况的扣款。这类扣款本质上是员工收入的减少，并非税法意义上的扣除项目。在计算个税时，应按照员工实际取得的收入来计算应纳税所得额，也就是扣除了这些违规扣款后的收入。所以在填写个税申报表时，直接将扣除违规扣款后的收入填入“收入额”这一项即可。例如，员工原本月薪为5000元，但因迟到被扣款200元，实际到手4800元，那么就将4800元填入“收入额”。

其次是一些法定的扣除项目，比如社会保险费、住房公积金等。这些扣除项目是允许在计算应纳税所得额时从收入中扣除的。依据《中华人民共和国个人所得税法》第六条规定，专项扣除包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等。在填写个税申报表时，这些法定扣除项目应分别填入对应的“专项扣除”栏次中。例如，员工本月缴纳社会保险费300元，住房公积金500元，就将300元填入“基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费”栏次，500元填入“住房公积金”栏次。

另外，如果是员工因个人原因产生的赔偿款等扣款，同样是按照实际取得的收入计算个税。比如员工损坏公司公物赔偿了100元，实际收入减少100元，在申报个税时，以扣除赔偿款后的收入作为“收入额”填写。

需要注意的是，企业在代扣代缴员工个人所得税时，要严格按照税法规定准确计算应纳税所得额和应纳税额，并如实填写个税申报表。同时，要妥善保管好相关的扣除凭证，以备税务机关检查。总之，正确处理员工扣款在个税申报中的填写问题，对于企业和员工都至关重要，既能保证税务申报的准确性，又能避免不必要的税务风险。