政府已批准违建三层，但邻居反对该怎么办？

首先，咱们来明确几个关键的法律概念。所谓的“违建”，一般是指违反城乡规划、土地管理等相关法律法规而建设的建筑物。但这里提到政府已批准，那就意味着这个建设行为在行政许可层面是合法的。

从法律依据来看，根据《中华人民共和国民法典》中的相邻关系规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。也就是说，邻居之间在行使自己权利的同时，不能对他人的合法权益造成损害。如果政府已经批准了你建三层房子，这说明该建设行为是符合相关规划和政策要求的，你依法享有按照批准内容进行建设的权利。

然而，邻居反对可能是出于多种原因，比如担心影响采光、通风、房屋安全等。如果邻居提出合理的担忧，你也应该重视。你可以与邻居进行友好的沟通，向他们解释政府批准的情况以及建设方案，消除他们的顾虑。如果邻居仍然反对，并且采取了一些不当的干扰行为，比如阻止施工人员进入、破坏已建设施等，这就可能构成侵权行为。根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在这种情况下，你可以通过报警等方式维护自己的合法权益，也可以寻求相关部门的调解，如街道办事处、居委会等，让他们从中协调解决纠纷。

总之，在政府已批准的情况下，你有合法建设的权利，但也要尽量与邻居友好协商，避免矛盾激化。如果协商不成，可以通过合法途径维护自己的权益。