与女生发生关系两个月后被她告强奸该如何处理？

首先，强奸罪是指违背妇女意志，使用暴力、胁迫或者其他手段，强行与妇女发生性交的行为。通俗来讲，就是在女方不愿意的情况下，通过强迫等方式与其发生性关系。

在司法实践中，判断是否构成强奸罪，关键在于是否违背了女性的意志。而判断是否违背女性意志，需要综合多方面的证据来认定。《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。

对于与女生发生关系两个月后才告强奸这种情况，证据的收集和审查就显得尤为重要。如果女方指控你强奸，她需要提供相应的证据来证明当时是违背她意志的，比如她身上的伤痕、挣扎的痕迹、现场的打斗迹象等能够证明存在强迫行为的证据。

而你作为被指控方，也可以收集证据来证明当时双方是自愿发生关系的。例如，你们之间的聊天记录，如果聊天内容能体现出双方是自愿且有情感互动的；或者当时在场的证人证言，如果有其他人能证明当时双方是自愿的情况等。

司法机关在处理这类案件时，会对双方提供的证据进行全面、客观的审查判断。不会仅仅依据女方的指控就认定你构成强奸罪。同时，也会考虑到时间间隔较长可能会对证据的收集和认定带来一定的困难，但这并不影响司法机关依据现有的证据和法律规定来作出公正的裁决。

所以，当遇到这种情况，你要保持冷静，积极配合司法机关的调查，如实陈述事情的经过，并且尽可能收集对自己有利的证据，以维护自己的合法权益。